Desde su creación como organismo permanente, la Comisión ha mantenido sus oficinas en la frontera, como lo dispone el Artículo III de la Convención de 1889. Por ser el punto central de la frontera, la Comisión instaló en Ciudad Juárez la Sección Mexicana y en El Paso la Sección de los Estados Unidos y para atender problemas en puntos distantes de su sede, la Comisión establecía campamentos de carácter transitorio cerca de los sitios por estudiarse.
Sin embargo, para atender los asuntos relacionados con la distribución de las aguas internacionales se vio la necesidad de establecer oficinas foráneas de carácter permanente en las poblaciones cercanas a las obras cuya construcción demandaba el Tratado de 1944, las cuales se presentan más adelante.
En lo que respecta a las Oficinas Centrales de la Sección Mexicana, éstas permanecieron en El Paso por varios años ya que Ciudad Juárez en aquellos tiempos carecía de locales adecuados.
Durante la segunda década del siglo (la época revolucionaria) las actividades de la Comisión Internacional fueron suspendidas por algún tiempo mientras las diversas facciones competían por el control del gobierno mexicano. Durante estos años los archivos de la Sección Mexicana quedaron al cuidado del consulado mexicano en El Paso.
En la década de los 20, la Sección Mexicana cambió sus oficinas a Ciudad Juárez, alojándose en el segundo piso del edificio Saber, frente a la aduana fronteriza. Ahí estuvieron hasta 1929, fecha en que se trasladaron nuevamente a El Paso debido a la toma de Ciudad Juárez por las fuerzas revolucionarías del movimiento Escobarista. Durante el período en que Ciudad Juárez fue ocupada por las fuerzas del ejército rebelde Escobarista, el personal de la Sección Mexicana que se había trasladado a la ciudad de El Paso se incorporó al Consulado General de México en dicha ciudad.
Al efectuarse la modificación de la línea divisoria con el arreglo del problema del Chamizal, a la Sección Mexicana le fue adjudicado el edificio que había sido el cuartel de la patrulla fronteriza de los Estados Unidos, al oriente del Corte de Córdova. Se adaptó el edificio a las necesidades de la Sección Mexicana y ahí permanece desde 1968 hasta la fecha. Las Oficinas Centrales de la Sección mexicana albergan al personal directivo y supervisan las actividades de las representaciones foráneas ubicadas a lo largo de la frontera. Para efectos de trabajos específicos, su jurisdicción comprende de Sásabe, Son. a Ojinaga, Chih.
En las oficinas de Juárez y El Paso despachan actualmente los Comisionados de uno y otro país, con los respectivos Ingenieros Principales y Secretarios, además del personal administrativo y el personal técnico auxiliar de los Ingenieros Principales. También se encuentran como anexos a las oficinas centrales los almacenes centrales y los talleres de mantenimiento de vehículos, así como del equipo de construcción de la Sección de los Estados Unidos. Sus oficinas están ubicadas en Ave. Universidad #2180, C.P. 32310, Zona Chamizal.
